Spor Slovenska a Maďarska s EÚ o povinných kvótach žiadateľov o azyl je asi najviditeľnejší v Európskej únii v súvislosti s migračnou krízou.
V marci 2012 dal Bot Slovensku za pravdu, keď navrhol zamietnuť žalobu Maďarska za to, že Slovensko odoprelo vtedajšiemu prezidentovi Lászlóovi Sólyomovi vstup.